花蓮分署前身為木瓜山林場，太魯閣林場及花蓮山林管理所所轄屬之新城、壽豐、鳳林等分所與林田山伐木站合併改組而成。

民國49年2月全省林務機關改制，納伐木造林，林政一元化，奉令合併木瓜山林場；太魯閣林場、花蓮山林管理所所轄屬之新城、壽豐、鳳林三個分所與林田山伐木工作站，成立木瓜林區管理處。嗣於民國62年9月奉令接管台灣省中興紙業公司林田山林場。復於民國78年7月1日林務局改制，由前木瓜林區管理處和前玉里林區管理處合併成立花蓮林區管理處，88年7月1日改制為行政院農業委員會林務局花蓮林區管理處，最近一次於112年8月1日改制林業及自然保育署花蓮分署。

森林分佈自海拔100公尺至3,500公尺，高低相差懸殊，成垂直分佈，包括熱帶林、暖帶林、溫帶林、寒帶林。海拔700公尺以下為熱帶林，以山黃麻、構樹、台灣櫸、竹類、蕨類為主；海拔700至1,500公尺為暖帶林，以樟科、殼斗科、杉木、柳杉、孟宗竹等為主；海拔1,500至2,500公尺為溫帶林，以紅檜、扁柏、台灣杉為主；海拔2,500公尺至3,500公尺為寒帶林，以鐵杉、雲杉、冷杉、高山箭竹等寒帶植物為主；3,500公尺以上為森林界線，少有林木分佈。