嘉義分署原為阿里山林場和台南山林管理所，合併改制成為林務局玉山林區管理處，民國78年改制為公務機關，將玉山林區管理處與楠濃林區管理處一部份合併，並定名為嘉義林區管理處。 88年改名為行政院農業委員會林務局嘉義林區管理處。112年配合組織改造，改名為農業部林業及自然保育署嘉義分署。

嘉義分署轄區位於台灣西南部中央山脈南部西側，跨雲林、嘉義、台南、高雄等縣市境，管轄面積總計為150,048公頃。

轄區林區海拔高低差懸殊，由熱帶、暖帶、溫帶至寒帶，形成垂直森林帶，並構成闊葉樹林、針闊葉混淆林及針葉樹林等不同林型。針葉樹林主要樹種為紅檜、台灣杉、柳杉、杉木及其他松類；闊葉樹則以樟楠類、櫧櫟類為主。